Fassbinder brugte ofte sine kærester som hovedroller til hans film. Han mente, at alle var stjerner. Fassbinders første store kærlighed var Günther Kaufmann. Det er dette forhold, der ligger til grund for Petra von Kants bitre tårer, og Günter spillede også hovedrollen i gangsterfilmen Götter der Pest (1969) og i terroristfilmen Die Dritte Generation (1979). I 2002 blev Kaufmann dømt 15 års fængsel for mord på sin skatterådgiver.

Fassbinder havde også i mange år et forhold til den marokkanske gæstearbejder El Hedi Ben Salem, der havde den mandlige hovedrolle i Angst æder sjæle op (1973). Salem havde svært ved at acceptere, at Fassbinder havde andre kærester, og han truede ham med at slå ham ihjel med en kniv. En aften gik han amok på et værtshus i Berlin i desperation over endnu engang at være svigtet af Fassbinder og dolkede tre tyskere, som dog overlevede. Han flygtede herefter ud af Tyskland.

Da Angst æder sjæle op fik kritikerprisen på Cannes-festivalen, var der mange der undrede sig over, at indehaveren af den mandlige hovedrolle ikke var til stede. De vidste ikke, at han var eftersøgt for mordforsøg . For at gense Salem henlagde Fassbinder en scene i Frihedens knytnæve (1974) til Marokko, hvor Salem kom med igen. Senere hængte Salem sig i et fransk fængsel og Fassbinders sidste film Qurelle (1982) blev tilegnet ham.

Filmen Querelle handler om matrosen Querelle, som går i land i Brest med noget opium, som han afsætter til Nono, der er vært på et bordel. For at få hele fortjenesten selv, slår Querelle sin medskyldige Vic ihjel. Mens Vic klæder sig af og vender ryggen til Querelle, parat til at blive taget bagfra, bliver han slået ihjel med en kniv. I Brest møder Querelle Gil, som han er meget tiltrukket af, fordi Gil ligesom han selv har begået et mord. Qurelle tilbyder ham at hjælpe med at flygte og kysser ham, mens han erklærer ham sin kærlighed, hvorefter han angiver ham til politiet.

I filmen Frihedens Knytnæve har en anden af Fassbinders kærester, Armin Meyer, en stor rolle. Filmen handler om et kærlighedsforhold mellem to mennesker, hvoraf den ene i kraft af uddannelse og social status kommer til at dominere den anden. Om denne film sagde Fassbinder selv:

"Det er sikkert den første film, hvor der medvirker homoseksuelle uden at homoseksuelle er gjort til et problem. Altid i film, teater eller romaner, når homoseksuelle optræder, så er problemet selve homoseksualiteten, eller også er den der som et komisk nummer. Men her vises homoseksualiteten som noget ganske normalt, og selve problemet er et andet, nemlig en kærlighedshistorie, hvor én udnytter en andens kærlighed, og det er egentlig den historie, jeg altid fortæller."

Filmen begynder som et eventyr og udvikler sig til et mareridt. I første scene bliver Franz arbejdsløs, da en cirkusdirektør, som han arbejder for, bliver arresteret, mens han står på scenen foran publikum. Franz vinder herefter en masse penge og bliver rig og kommer ind i en kreds af veletablerede homoseksuelle. Han forelsker sig i Eugen, der er søn af en velhavende mand. Derfor tror Franz ikke, at Eugen tager ham for pengenes skyld. Imidlertid er det krisetider, og industrien mangler kapital, hvorfor Eugen har en økonomisk interesse i Franz. Filmen begynder som et eventyr men udvikler sig til sandt mareridt.

Fassbinder og Armin boede sammen i mange år, men også dette forhold udviklede sig til en tragedie. Da filmen, hvor Armin spiller en stor rolle, fik premiere på Berlin-festivalen i 1978, var Armin ikke inviteret med, og det var han heller ikke til Fassbinders fødselsdag den 31. maj 1978. På selv samme dag, begik Armin selvmord. Fassbinder kom sig aldrig over tabet af Armin, og han reagerede ved at lave den stærkt fortvivlede film I et år med 13 måner, der handler om den transseksuelle Erwin/Elwira der af kærlighed til boligspekulanten Anton har forsøgt at lade sig operere til kvinde.

Rainer Werner Fassbinder døde i en alder af 37 år den 10. juni 1982 af en overdosis af kokain og sovepiller. I sit korte liv nåede han ud over at lave 43 film også at arbejde som skuespiller, kameramand, komponist, designer, redaktør, producer og teaterchef.